中央三办按照周总理的指示，很快写出《关于新疆马明方案的平反报告》，呈报上级，中央办公厅于7月31日以中办发（1975）10号文件将该报告转发各省军级单位。文件下发后，虽然起了积极的作用，但由于种种局限，问题并没有彻底解决，平反尚留有一定的尾巴，特别是对于原新疆航空队的中共人员，遗而未决的问题就更多。

　　粉碎“四人帮”后，经中央军委批准，解放军总政治部于1977年下发了（77）政审字第13号文件，否定了“叛徒集团”的问题，但依然认为航空队的这些同志犯有“政治错误”，引起原新疆航空队中中共人员及其家属的不满，他们于是继续申诉。

　　在党的十一届三中全会精神的鼓舞下，高登榜、谢良、吉合等15位同志于1979年9月20日联名上书邓小平和胡耀邦，恳请中央彻底解决“马明方专案”中这些人的问题。信中说：“1975年7月19日，中央三办虽宣布了为这一案平反，但很不彻底，因而很多实际问题得不到解决……在宣布平反的同时，却又说立案审查是因为‘有人揭发’，‘是完全必要的’，这无异于为林彪、康生、‘四人帮’开脱罪责，说明他们一贯正确，诬陷、迫害我们有理，被他们迫害致死、致残是应该的……更成问题的是：平反报告只限于对中央‘过去已定为叛徒的应予平反’，而对当时全国各地立案审查的一百多人和受株连的大部分同志则没有认真予以平反，这都是很不公道的……另外，中央专案三办的平反报告只用中央办公厅名义转发，而文件发的面很窄，许多同志根本看不到……因此，这一案中许多人至今仍背着‘叛徒’的罪名，心情很不舒畅；一些能工作的同志也未分配工作，他们生活上的许多困难也未能得到解决。”为此请求“以中央名义给所谓‘新疆马明方叛徒集团案’彻底平反，推倒强加给有关同志的一切诬蔑不实之词……因此案受到诬陷、打击、株连的同志一律平反昭雪。”胡耀邦阅信后当即作出批示：“照转。请邓副主席批示，任穷同志办。”此后，中组部多次召开由有关同志参加的座谈会，认真听取意见，并依照高登榜等同志的要求，与总政治部联合写出《关于为“新疆马明方案”平反的报告》，上报中央后得到批准，于是便产生了中发（1980）65号文件。

　　大浪淘沙，历史终究恢复了其本来的面目，存在数十年且历经曲折的“新疆马明方叛徒集团案”最终沉冤得雪，这对于此案中的一大批蒙冤负屈者及其亲属来说，无疑是一个极大的安慰。