1967年9月4日，戚本禹给毛泽东写了一封信。他在信中先批判了王力、关锋一顿，还在信中还自我检讨说：我对他们的有些问题察觉不出，王力在外交部问题上犯的错误，就同我有关。我从心里愿意努力改造自己，永远做一个忠于毛泽东思想的小兵。毛泽东看了这封信后，在这封信上写下了批语：“已阅，退戚本禹同志。犯些错误有益，可以引起深思，改正错误。便时，请你告知关、王（指关锋、王力）二同志。”

　　毛泽东的批示，并未肯定戚本禹的检讨，只是淡淡地写了一些鼓励的话，可见，毛泽东对戚本禹的信并不认同。而对戚本禹更为不利的是：过去对戚本禹“让三分”的陈伯达也要整他了。1967年12月，陈伯达在《红旗》杂志编辑部召集几个人谈话，说出了这样一句话：“在《红旗》杂志，除了我之外，在揭发王力、关锋的问题时，所有的人都可以揭！”陈伯达此话一发，不光是红卫兵攻击戚本禹了，《红旗》杂志的造反派、中央文革的人员，都纷纷攻击起戚本禹来了。在这种情况下，经毛泽东同意，1968年1月14日，戚本禹也被中央宣布“请假检讨”了，此时，距王力、关锋被“请假检讨”后不满5个月。

　　戚本禹虽然是后被“请假检讨”的，但却没有王力、关锋那么幸运。戚本禹被“请假检讨”后，与林杰一起，直接被送到了秦城监狱。在秦城监狱，关押他的房间里只有一张木板床，一套被褥。吃的伙食也不太好。监狱方面不准他与外界有任何联系。后来，才慢慢地准许他看一些书籍、报纸。

　　随着时间的推移，加上继续进行的“文化大革命”又不断产生新的矛盾、斗争，人们几乎把戚本禹这个“文化大革命”初期的风云人物淡忘了。党的十一届三中全会后，特别是党中央决定重新审理“文化大革命”中林彪、江青两个反革命集团案件后，人们才又想起了当年的“王、关、戚”三人。重新审理后，王力和关锋被开除了党籍，但中央决定对他们二人免予起诉；而中央对戚本禹，不但开除了党籍，还决定起诉至法院。

　　1983年11月2日，北京市中级人民法院以反革命宣传煽动罪、诬告陷害罪和聚众打砸抢罪，依法判处戚本禹有期徒刑18年，剥夺政治权利4年。

　　戚本禹的刑期，从1968年初算起，到1986年初，正好是18年。1986年初，戚本禹被刑满释放。释放后，戚本禹被安排做一点工作。他的办公室在一幢很老的西式大楼里。在那里，他每天房门紧闭，一个人在办公桌前写作。他的桌子上放着许多手稿和无格的白纸。据去戚本禹办公室采访过他的著名传记作家叶永烈先生记述：1988年采访戚本禹时，戚本禹还是如同“文化大革命”初期一样，大大咧咧。他接受采访时，神态自若，头发乌黑。戚本禹很健谈，思维敏锐，喜欢不时反问，而且看得出，他的消息相当灵通。他对各种书报都看，尤其是关于“文化大革命”的文章，他见到了，总要细看。但他已经把主要精力投入到研究明史上去了。戚本禹还说：我不相信关锋“两耳不闻窗外事”，我就没法做到这一点。

　　戚本禹说的这句话，是意味深长的。

　　现在，戚本禹在上海某公司任高级职务。据见过他的人说，他精神很好，还是像从前一样，为人处事，仍然有一种“戚大帅”的味道。