1925年11月23日，以邹鲁为首的一些国民党右派在北京西山召开会议，史称“西山会议派”。这些人背叛孙中山的“三大政策”，提出取消已加入国民党的共产党员的党籍，并要撤销在国民党中央工作的谭平山、李大钊、林祖涵、毛泽东等人的职务。接着，他们又策划在上海成立伪中央等一系列反共活动。柳亚子对此严厉加以批驳。这年的12月，他发表了4000余字的长文《告国民党同志书》，指出:反动派“自己不肯站在革命的前线上奋斗，反而去勾结反革命的势力，甚至于去领导反革命的势力，要掀起党内轩然的大波……这不是明明白白地叛党叛国叛总理吗？全国同志，人人得而声讨之矣！”此举激怒了在南京的国民党右派，声称要开除他的党籍。孙传芳甚至勾结了上海租界内的帝国主义，准备抓捕加害柳亚子。

　　1926年5月，柳亚子赴广州参加国民党二届二中全会。蒋介石在会上强迫通过了“整理党务案”。柳亚子当即与何香凝、彭泽民等表示坚决反对。期间，柳亚子邀约了侯绍裘、朱季恂等共产党员，一起去找了蒋介石，当即责问他:你到底是总理叛徒，还是总理信徒……由于柳亚子等真理在手，蒋介石默不作声。柳亚子未等结束，就返回上海，表示与蒋介石分道扬镳。人称他“拂袖南渡”。

　　1926年9月，柳亚子赴南京参加中山陵的奠基仪式。这时“西山会议派”中有些人在那里埋伏了打手，作好了对共产党员和进步人士动武的准备。同柳亚子一起去参加奠基仪式的侯绍裘，就是在下山途中被打伤送进了医院。柳亚子幸有共产党员在暗中保护，才免遭毒手。1927年4月12日，蒋介石发动了“四·一二”政变。柳亚子也被蒋介石列入了通缉的名单，并派出部队赶到吴江抓他。那是5月8日的夜半，吴江警察局受命派出军警，从水路趁天黑直驶到黎里镇的柳亚子家附近。柳亚子租住的这处寓所，原是清乾隆年间一个大官的府第，厅堂庭院共有五进，门墙高大坚固。前来抓捕的军警在柳亚子的门口猛冲猛撞。由于门墙坚固无法撞开。正在家里的柳亚子，眼看已是无法出去，只能坐等被抓。他的夫人陈佩宜急中生智，先把柳亚子的衣帽等应用品一一收拾藏进箱厨内，造成柳亚子出门在外，不住家中的假象，同时将柳亚子推进了壁橱。然后拉开壁橱底部的一扇暗门，里面是一条宽二尺五、长二丈四的夹弄。柳亚子就在这个江南一带称作为“复壁”内躲藏。敌人进门后没找到柳亚子，他们又经一一盘问，所有人都说柳亚子不在家。军警们一无所获，只得空手而归。前来抓捕的军警走了，柳亚子化装经上海远去了日本。

　　上个世纪30年代初，蒋介石认为主张抗日的爱国进步人士破坏了他与日本人签订的《淞沪停战协定》，在上海一时间大搞白色恐怖，继五位革命青年作家柔石、殷夫、李伟森、胡也频、冯铿被杀害后，邓演达和恽代英也被蒋介石杀害。宋庆龄和何香凝于1931年12月2日及24日，分别在《申报》上发表了对时局的宣言，谴责蒋介石杀害革命青年的罪恶。柳亚子读了这两个宣言后，在他写给姜长林的信上说:“整个的国民党弄得只剩两个女人。中山有灵，真要痛哭了！”事隔20年后，革命老人谢觉哉在他作的《赠柳亚子》诗中，特对其中的“并世仨仁何与宋”诗句作了这样的自注:“庆龄、香凝、亚子，国党三仁。”在这期间，在柳亚子的心目中，蒋介石已是彻底背叛孙中山，无可救药。所以，谁只要在他面前提到蒋介石，他便借机讽嘲，不愿沾上一点边。1935年12月下旬，柳亚子应新知郁达夫和两位老友之邀，从上海到达杭州。由于郁达夫因故不在杭城，第二天他的老友山阴的胡栗长、武进的姜丹书准备在楼外楼为他洗尘。但他一听说正在杭州的蒋介石夫妇，每次都要包下楼外楼二楼用餐。他就摇着头说:“这几天不是楼外楼，而是楼内楼，一遇此辈，大煞风景，不去！不去！”

　　“皖南事变”后，避居香港九