1938年10月25日，武汉沦陷，《新华日报》在武汉出版最后一期。同日，同一期号、不同内容的《新华日报》在重庆出版。历任总编辑有华岗(华西园)、吴克坚、章汉夫等。

    1940年1月6日，因社论被国民党当局强令删去﹐《新华日报》被迫“开天窗”。1941年1月18日，《新华日报》登载周恩来的题诗:“千古奇冤，江南一叶。同室操戈，相煎何急？！”诗上首赫然入目地写着九个大字:“为江南死国难者志哀。”17日，国民政府军事委员会发言人在重庆就“皖南事变”发表谈话，宣称:此次事件，完全为整顿军纪，惩处叛变。周恩来得知上述消息后，怒斥何应钦:“你们的行动，使亲者痛，仇者快。你们做了日寇想做而做不到的事。你何应钦是中华民族的千古罪人。”当晚，周恩来指示新华日报社拒刊国民政府军事委员会“通令”和“发言人谈话”，坚持照常出报，并部署了应付各种可能情况的对策。18日清晨，载有周恩来题词的《新华日报》到达读者手中，并出现在重庆大街小巷的阅报墙上。报纸销量从平时的1000份猛增到5000份。

    重庆《新华日报》在周恩来直接领导下，一直出版至1947年2月28日被国民党勒令停刊。至此，《新华日报》在国民党统治区共出版9年1个月又18天，在国民党政治、经济、文化中心占领了舆论制高点，被人民群众誉为“茫茫黑夜中的一座灯塔”，成为中国共产党推进抗日民族统一战线的有力工具和沟通外部世界的一个重要窗口。毛泽东高度赞扬《新华日报》，称其为八路军、新四军以外的“另一方面军”。