1940年
　　3月19日，在延安抗日军事政治大学第五期学生毕业大会上作关于严格遵守党的纪律问题的讲演，指出维护党的统一，不靠刀枪，要靠纪律。
　　10月1日，在中共中央主办的党内刊物《共产党人》上发表文章，题为《巩固秘密党的几个问题》，指出：如果秘密党组织严密了，精干了，隐蔽了，党员的质量提高了，那末，中央交给的“长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的任务就能完成。

　　1942年
　　5月，任中共中央总学习委员会委员，参加领导在中国共产党内开展的以反对主观主义、宗派主义和党八股为主要内容的整风运动。在整风中，提出领导者指导工作，应该“不唯上，不唯书，只唯实”。
　　10月7日，在延安军事干部会议上讲话，指出：犯了错误，研究教训，决不是丢脸；不研究，不吸取教训，才会丢脸，有时会大丢其脸。

　　1944年
　　3月6日，任中共中央西北局委员、西北财经办事处副主任兼政治部主任，主持陕甘宁边区的财经工作。

　　1945年
　　4月23日至6月11日，出席中国共产党第七次全国代表大会。5月9日在大会上发言，指出：我们对功劳要有正确的看法，第一是人民的力量，第二是党的领导，第三才轮到个人。这样的次序不能颠倒。我们要讲真理，不要讲面子。
　　6月19日，在中共七届一中全会上，继续当选为中央政治局委员。8月23日，中央政治局扩大会议决定，在毛泽东赴重庆谈判期间，刘少奇代理党的主席，并增选陈云、彭真为中央书记处候补书记。
　　9月2日，日本政府在投降书上签字，抗日战争胜利结束。
　　9月14日至15日，出席中共中央政治局会议。会议主要研究东北局势和力争东北的问题，并决定成立中共中央东北局。陈云任东北局委员；为便于工作，被授予中将军衔。9月18日，从延安经山海关到达沈阳。
　　11月2日，任中共中央北满分局书记，后兼任东北民主联军（后改称东北人民解放军）北满军区政治委员。
　　11月29日、30日，主持起草给中共中央的电报，提出当前在满洲工作的基本方针，应该是建立沈阳、长春、哈尔滨三大城市外围及长春铁路干线两旁广大的巩固的根据地。
　　12月28日，中共中央发出毛泽东起草的关于《建立巩固的东北根据地》的指示。此后，陈云在黑龙江宾县、方正、通河、木兰等地调查研究，领导创建北满根据地。

　　1946年
　　4月1日，任东北民主联军北满军区哈尔滨前线野战司令部政治委员。
　　4月28日，苏联军队全部撤出哈尔滨，北满军区部队进驻。5月21日，中共中央东北局和东北民主联军总部迁入哈尔滨。
　　6月16日，任东北局副书记兼东北民主联军副政治委员。7月7日，东北局扩大会议通过陈云起草的关于东北的形势和任务的决议。决议号召共产党员走出城市，下乡发动农民群众，这是东北斗争成败的关键。
　　10月31日，任中共中央南满分局（亦称辽东分局）书记兼东北民主联军辽东军区政治委员。12月中旬，参加辽东军区司令部在吉林省浑江市七道江村召开的师以上干部会议，提出坚持南满、与北满形成犄角之势的战略主张。
　　12月17日至翌年4月3日，在东北民主联军北满部队三次越过松花江向长春、吉林以北的国民党军进攻的配合下，同肖劲光指挥辽东军区部队，粉碎了国民党军四次向吉林临江地区的进犯。“三下江南、四保临江”战役，共歼灭国民党军四万余人，收复城镇11座，保卫和扩大了南满根据地，为东北民主联军转入攻势作战创造了条件。

　　1947年
　　2月7日，在中共中央南满分局会议上讲话，指出：要少犯错误，就要避免认识上的片面性，其方法有三条：一、“交换”意见，尤其要听不同意见；二、对各种意见要进行“比较”；三、决定问题不要太匆忙，要留一个“反复”考虑的时间。
　　7月以后，领导辽东地