1956年
　　1月25日，在第六次最高国务会议上发言，指出：在公私合营中，夫妻店、手工业者、摊贩等要长期保留单独经营的方式。
　　6月4日，同周恩来等出席刘少奇召集的中央会议。会议决定，经济建设要采取既反对保守又反对冒进，在综合平衡中稳步前进的方针。
　　9月13日，在中共七届七中全会讨论中央领导人选时，毛泽东推荐说：陈云比较公道、能干，比较稳当，看问题有眼光、尖锐，能抓到要点。
　　9月15日至27日，出席中国共产党第八次全国代表大会。20日，在大会上作《关于资本主义工商业改造高潮以后的新问题》的发言，提出中国社会主义经济体制的“三个主体，三个补充”（即国家经营和集体经营是主体，一定数量的个体经营是补充；计划生产是主体，在计划许可范围内按市场变化的自由生产是补充；国家市场是主体，一定范围内国家领导的自由市场是补充）的构想。
　　9月28日，在中共八届一中全会上，当选为中央政治局常委、中央委员会副主席。

　　1957年
　　1月10日，任中共中央经济工作五人小组组长。
　　1月18日，在中共各省、自治区、直辖市委员会书记会议上讲话，指出：建设规模要和国力相适应。适应还是不适应，这是经济稳定或不稳定的界限。为防止经济建设规模超过国力的危险，必须作好财政、信贷和物资供需的平衡。
　　8月20日，在国务院常务会议上指出，中国人多，必须提倡节制生育。
　　9月24日，在中共八届三中全会上作关于改进经济管理体制问题和解决吃穿问题的主要办法的报告。全会前，曾先后在沈阳、上海主持东北三省和南方九省市经济管理体制改进工作座谈会。全会后，到大连、丹东、吉林、长春、齐齐哈尔、抚顺、太原、榆次等地调查研究。11月8日，国务院全体会议通过陈云起草的关于改进工业、商业、财政管理体制的三个规定。

　　1958年
　　1月11日至22日，中共中央在南宁召开工作会议，对1956年的反冒进，进行了错误的批评。
　　9月19日，任国家基本建设委员会主任。
　　9月下旬至10月中旬，分别在天津、哈尔滨、西安主持华北、东北、西北协作区基本建设工作会议。
　　12月22日至26日，主持全国基本建设工程质量杭州现场会议。

　　1959年
　　3月，因患心脏病离京到桂林、杭州等地休养。
　　4月2日至5日，出席在上海举行的中共八届七中全会。会议主要讨论人民公社整顿工作和1959年国民经济计划。会后受毛泽东的委托，研究和调整当时关系经济全局的过高的钢铁生产指标。
　　6月以后，继续因病休养。期间到江苏、山东、黑龙江、吉林、辽宁、上海、浙江、河南、安徽等地，考察农业、钢铁、矿山、化肥等生产问题和人民群众生活问题。