1957年1月担任中共中央经济工作5人小组组长。对中国的社会主义经济建设，他一贯坚持实事求是的原则，反对不顾现实条件的急于求成的错误倾向；主张建设规模一定要和国力相适应，要在安排好人民生活的基础上扩大建设规模；主张国民经济计划必须坚持综合平衡，实行按比例地发展。50年代末60年代初，当国民经济遭到严重困难时，他受毛泽东委托调整关系经济全局的过高的钢铁生产指标，并同刘少奇、周恩来、邓小平一道，果断地采取了动员城镇2000万人下乡、通过几种高价商品回笼货币等一系列正确的措施，恢复了国民经济。为了解决农业发展中所遇到的困难，他到上海青浦等地调查，建议对农村实行包产到户政策，代表了中国农业改革的先驱思想。他的这一主张和其他切合实际的经济主张，曾被人认为“右倾”，而受到毛泽东的冷遇。“文化大革命”中，他在党内只保留了中央委员的名义，被下放到江西省南昌市的一个化工石油机械厂“蹲点”。1972年4月回到北京，按照周恩来的意见，参加国务院业务组工作，研究国际经济形势和发展对外贸易问题。他提出要很好地研究当代资本主义，以便在世界市场中占有中国应有的地位。1975年被选为第五届全国人大常委会副委员长。1976年参加粉碎“四人帮”的决策过程，曾对叶剑英讲：这场斗争不可避免。

　　粉碎“四人帮”以后，在1977年3月中央工作会议上，他提出应该让邓小平重新参加党中央的领导工作。在1978年中央工作会议上，他又率先提出平反冤假错案。在接着召开的中共十一届三中全会上，他重新当选为中央委员会副主席和中央政治局常委，并任中央纪律检查委员会第一书记。中共十一届三中全会以后，他作为以邓小平为核心的第二代中央领导集体的重要成员，党和国家的主要决策人之一，与中央领导集体的其他同志一道，为带领全党进行思想路线、政治路线和组织路线的拨乱反正，为制定和执行以经济建设为中心、坚持四项基本原则、坚持改革开放的基本路线，正确解决中华人民共和国建立以来的许多历史遗留问题和现实生活中出现的新问题，成功地开创建设有中国特色的社会主义事业，做出了重大贡献。他大力支持邓小平提出的实事求是地确立毛泽东的历史地位、坚持和发展毛泽东思想的主张。对中国的改革开放和社会主义现代化建设，他提出了一系列具有深刻意义的思想和重大决策。例如，对比例严重失调的国民经济实行全面调整；社会主义时期必须有两种经济，即计划经济和市场调节；改革的步子要稳，要“摸着石头过河”，从试点着手，随时总结经验；强调无农不稳，无粮则乱；指出经济形势的不稳定可以引起政冶形势的不稳定，执政党的党风问题是有关党的生死存亡的问题，大量提拔培养德才兼备的中青年干部是当务之急，等等。他还为按照“一国两制”构想，实现对香港、澳门恢复行使主权，实现海峡两岸和平统一，倾注了大量心血。

　　中共十三大以后，他退出中央领导工作，担任中央顾问委员会主任。在以邓小平为核心的第二代中央领导集体向以江泽民为核心的第三代中央领导集体顺利过渡、保证党和国家稳定的重大决策中，他发挥了十分重要的作用。中共十四大以后，他过着离休生活。1995年4月10日因病在北京逝世。主要著作收入《陈云文选》（3卷）。