3月底，中央书记处再次开会讨论对“两案”案犯起诉书初稿。受中央委托负责“两案”审理的彭真，首先发表意见说：“我看了对‘四人帮’的起诉书和材料，没有什么意见。对这帮人要有充分的估计，他们做了多少坏事，他们知道，我们不知道。所以在预审中不能轻敌，轻敌就要打败仗。按司法程序办事。公安部要搞好预审，检察院要搞好起诉，法院要搞好审判。……一定要经过预审来核实，还有口供问题，法律上有证言，但我们办案一定要重视证据，只有口供没有证据不能定。”

　　随后胡耀邦说：“这件事一定要办好，只能办好，不能办坏。具体有以下几条：一、罪证要周密有力，人家考不倒。最重要的是要同毛主席的错误分开。这样做，符合历史的真相。比如，江青是一贯搞逼、供、信的，毛主席一贯反对搞逼、供、信……。二、对罪犯要做好分化瓦解工作。要让他们认罪服法，要让他们中有的人能站出来讲真话。比如王洪文、毛远新，他们要讲真话，对搞清这个案子非常有利……。三、处理要妥善。自始至终不要在生活上搞虐待。要使我们的后代都知道我们对他们是仁慈的。”

　　他又说：“我同意彭真说的严格按法律程序办事。时间不要限制太死了。”黄火青、江华插话，都提到“要重视证据”。

　　彭真最后说：“……起诉书应当以证据做后盾，以预审做基础。四道程序把关。公、检、法是三道关，中央领导小组是第四道。现在的起诉书（草稿）不能拿出去，要把罪行列出来。……有不少是路线问题，我们是审理罪行的，路线问题我们管不着，公、检、法没有资格审查党的路线问题……。”“从事实做起，从调查研究做起。离开事实，谁讲也不算数。经过调查研究，有什么算什么。只有事实，案件才靠得住。”

　　这次会议记录，很快传达到参加“两案”的工作人员，他们组织两个精干的班子，按照要求将工作开展起来。总政保卫部组织预审组，与羁押在秦城监狱里的案犯接触，核查罪行。取证组分赴全国各地，和中央有关机关向知情人依法取证。起诉组进一步修改起诉书草稿。

　　3月30日，全军“两案”审判工作会议召开，史进前副主任代表“两案”审判领导小组，紧急布置林彪集团案办公室各组加速工作进程。

　　4月，公安部受理了林彪、江青反革命集团案在押案犯江青、张春桥、姚文元、王洪文、陈伯达、黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作、江腾蛟等，并开始侦查预审。最高人民检察院派出检察员自始至终参加了侦查预审活动，依法进行监督。

　　5月中旬至下旬，彭真在人民大会堂听取“两案”审判准备工作情况汇报。听完汇报后，他面带笑容说：“现在形势大好。我讲的是‘两案’的形势。五中全会上制定新党章和十二条准则。四同志解除了职务。决定为刘少奇平反，开追悼会。悼词中讲林、江一伙，把头子定了。这些，对‘四人帮’一伙震动很大。”

　　针对林彪案的审判准备工作存在的问题，他指出：首先，林彪案所有案犯交总政。从诬陷刘少奇入手，突破案犯篡夺党和国家领导权的问题。其次，是突破禁区，包括思想的禁区、人的禁区、材料的禁区。档案是重要材料，一部分集中在中纪委，一部分集中在中央办公厅，要组织人去看。

　　随后，中央“两案”审判指导委员会就查阅档案资料问题向中央写出报告。7月，中共中央发出红头文件，批准“两案”办案人员，可以到中央办公厅、中央军委办公厅、中央档案馆及中央政法机关等单位查阅有关文件资料。这样，取证组得以从这些单位的档案里取到证据。

　　9月4日至5日，中央书记处对“两案”问题又进行了讨论，制定出新的审判方案。

　　9月8日下午，彭真就“两案”问题向中央政治局常委汇报。华国锋、邓小平、叶剑英、李先念、胡耀邦等听取汇报。彭真甩开材料汇报说：“关于‘两案’的